Sede del Centro di Documentazione è il quartiere monumentale posto al primo piano dell’ex ospedale di S. Giovanni di Dio. Qui, nel lontano 1588, nel preesistente ospedaletto di Santa Maria dell’Umiltà fondato da Simone Vespucci nel 1380, presero residenza i frati dell’Ordine Ospedaliero di S. Giovanni di Dio meglio noti come Fatebenefratelli o Frati della Sporta per la consuetudine di elemosinare denari e beni in natura per le strade della città. Dal loro insediamento inizia la storia nosocomiale dell’istituzione che provvederà alla cura degli infermi fino alla soppressione dell’Ordine avvenuta nel 1866. L’attività nosocomiale proseguì tuttavia ininterrottamente fino al 1983, quando i servizi sanitari furono trasferiti nel ‘nuovo’ S. Giovanni di Dio a Torregalli rimanendo destinato il complesso di Borgognissanti ad attività sanitarie ambulatoriali e socio-assistenziali fino al 2000.

Gli ambienti del Centro ospitano gli arredi e numerose testimonianze artistiche originarie dell’ospedale, della chiesa e del convento di S. Giovanni di Dio dopo le ristrutturazioni ed ampliamenti dell’originario complesso trecentesco avvenute nel 1635-1703 e nel 1730- 1755. Di particolare interesse i ventotto ‘capoletto’ (piccoli quadri ad olio a soggetto floreale posti sopra le testate dei letti dei malati) attribuiti alla bottega di Bartolomeo Bimbi (1648-1730). Ancora altre opere sono state attribuite a Giovan Battista Lenardi, Alessandro Gherardini, Giovanni Antonio noferi, Joseph Dorffmeister, artisti legati alla corte e all’aristocrazia fiorentina settecentesca. Il grande atrio dell’ospedale ha volta affrescata raffigurante Gesù guarisce un paralitico presso la piscina di Betsaida, di Vincenzo e Rinaldo Botti (1735 ca.) mentre l’impianto architettonico della chiesa e dello stesso atrio si deve soprattutto a Carlo Marcellini (1643-1713).

Dal 2001 all’esposizione artistica si è affiancata la raccolta di strumentaria storico-medica grazie ad alcune donazioni provenienti da medici ritiratisi dalla professione. L'esigenza di tutelare lo strumento obsoleto oggetto di facile dispersione, la volontà di tramandarne la memoria funzionale e la necessità di sollevare le istituzioni sanitarie dall'onere di conservare in ambienti appropriati materiali difficilmente coniugabili ai primari fini sanitari, ha indotto il Centro di Documentazione a farsi carico della conservazione di quegli strumenti che i tempi, le tecniche, i progressi medici e, a volte, il nominativo illustre del professionista che li aveva utilizzati, indicavano quali 'patrimonio sanitario' da tutelare e valorizzare alla stessa stregua del patrimonio storico-artistico o librario. Le differenti provenienze degli oggetti hanno comportato l'eterogeneità del corpus che attiene a plurime branche specialistiche non sempre esaurientemente rappresentate ma che – pur nella loro incompletezza – costituiscono un appuntamento interessante per molti e, soprattutto, per il mondo della scuola.

La raccolta è formata da circa 300 esemplari (non comprese le serie) espressivi delle varie branche specialistiche. Gli esemplari più significativi e numerosi attengono alle seguenti discipline: Urologia, settore tra i più ricchi di esemplari con strumenti attinenti soprattutto all'estrazione dei calcoli vescicali databili dalla fine dell'Ottocento agli anni Sessanta del Novecento; Oculistica con strumenti diagnostici degli anni Cinquanta/ Sessanta del Novecento; Ostetricia e la Ginecologia, con strumenti dei primi Settant'anni del Novecento; Odontoiatria con l'attrezzatura completa di un Gabinetto dentistico del 1950; Gastroenterologia, strumenti di diagnosi e per estrazioni di calcoli esofagei, anni Cinquanta/ Sessanta; Cardiologia con la macchina macchina 'cuore/polmone per le operazioni a cuore aperto costruita nell'ospedale di S. Giovanni di Dio nel 1960; Anestesiologia, dalle mascherine di Esmarch utilizzate negli anni Quaranta del Novecento fino alle macchine per anestesia degli anni Ottanta; il vasto corpus della 'recente' Medicina del Lavoro ed infine il vasto assortimento di Strumenti per Pronto intervento costituito soprattutto da bisturi, forbici, pinze, aghi da sutura, cauteri, ecc. databili tra primo Novecento e anni Ottanta/Novanta.